联川生物Xenium完成APT测试，正式开始运行|Xenium专题

联川生物致力于搭建全生态的单细胞空间转录组测序平台，因此 国内首推具备亚细胞空间原位信息的解决方案---10x Genomics Xenium技术！

近期Xenium顺利完成APT性能测试（Assay Performance Test），联川生物Xenium正式投入运行。我们跟着小编一探APT测试吧！

样本准备及上机

Xenium分析仪每次运行最多可上样两张载玻片，每张载玻片的可成像区域约为12mmx24 mm（可贴片区域10.45mm*22.45mm） 。

APT测试采用的是Jurkat和Raji细胞悬液制备的FFPE样本，首先对FFPE样本进行脱蜡和解交联；进一步进行探针杂交及连接、滚环扩增和DAPI染色等后续实验，最后通过在Xenium分析仪上进行荧光探针杂交、成像、解码及数据可视化。

首先通过输入选择合适的panel list，并在Xenium分析仪上输入slide ID，Panel信息完成仪器自检。

目前10x Xenium已有的panel list主要包括以下：

Tips：可接受定制化

进一步Xenium专业的实验技术人员会结合每个客户的需求，选择合适的区域进行Xenium正式试验。

Xenium分析仪上将每个探针的所对应的光学特征解码成对应检测的基因信息，推断出切片不同位置中所对应的mRNA；然后进行通过深度学习的方式推断出完成的细胞结构，最后对整合好的细胞的转录本的表达情况进行数据可视化以及进一步的挖掘。

Xenium APT测试数据可视化

经过多轮杂交成像之后，每个探针会形成一段特殊的对应荧光编码，最后通过将该荧光编码与原本设计好的探针标签序列进行对比，即可得出切片不同位置上所对应的探针及探针所对应检测的基因信息，最终推断出切片不同位置中所对应的mRNA即原位的转录组数据，然后在配备的数据分析软件上进行可视化展示。

实验结果Summary显示细胞数及Decoding解码的转录本密度正常，高质量转录本占比94%，阴性对照为0%，基因数正常并同时可以拿到每个Cluster所对应的检测的基因的表达矩阵，可进行细胞鉴定，聚类，差异表达基因的分析以及功能富集分析等。

Xenium下机之后可得到的数据集

 
Xenium应用方向

LC-bio关于联川

杭州联川生物致力于为全球各地的科研用户提供基因组、转录组、表观组、蛋白组、代谢组，以及单细胞和空间组学测序服务。

单细胞和空间转录组测序作为联川重点科研服务产品，目前已经搭建完成包括10x单细胞测序（ScRNA-seq、ScRNA-seq＆VDJ及ScATAC seq），10x空间转录组测序（Visium 、CytAssist），10x Xenium及华大时空组学（stomics）测序平台。联川生物实现从nm到um，从单细胞到亚细胞的全生态单细胞空间原位检测的布局。在样本制备和生物信息学分析，以及云分析平台方面充分发挥自身优势，联川生物致力于为客户提供优质的服务。

目前已经与多个国家及地区的100多个科研院校、医院、制药公司建立起了长期的合作伙伴关系，累计发表单细胞和空间转录组测序相关的SCI高质量论文已超过130篇，影响因子平均15+，其中空间转录组相关文章10余篇（包含单细胞&空间转录组联合分析文章）。联川在单细胞&空间组学整合分析具备成熟的流程和云分析工具，对于数据挖掘和生物学故事具备深度的理解力，是值得信赖的多组学整合专家！

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